高斯(Gaussian)软件linux下安装

高斯(Gaussian）软件的安装方法

相对于其他的计算软件，高斯软件的安装应该算是最简单了。

首先下载到高斯的软件包，然后解压，最后配置环境变量就可以使用了。

高斯分为 03版本和09版本，每个版本还有小版本号，例如；A01,B01,C01,D01,E01等等。

linux下的版本，一般压缩包的格式无非就是这么几种，tar，gz，tgz，tar.bz2,tar.gz,根据相应的命令进行解压就可以了。

tar     解压命令，tar -xf  XXXX.tar
gz     解压命令，tar -zxf  XXXX.gz
tgz     解压命令，tar -xf  XXXX.tgz
tar.bz2 解压命令，tar -jxvf XXXX.tar.bz2
tar.gz  解压命令，tar -zxvf XXXX.tar.gz

例如：g09_linux_x64_D01.tar.bz2 ，个人习惯，修改文件名称，下面进行操作安装

[dlqc@cluster soft]$ mv g09_linux_x64_D01.tar.bz2 g09.tar.bz2

[dlqc@cluster soft]$ tar -jxf g09.tar.bz2

解压完成会在当前目录多出一个“g09”的目录。

我们可以把这个目录放入到我们想要的路径里面做归档处理，例如在自己的home目录创建一个soft目录“soft”目录我们可以放入我所有的软件，这样后期查找起来也比较方便。

我们的这个软件放入到了如下目录

[dlqc@cluster soft]$ pwd

/home/dlqc/soft

现在我们处理环境变量

[dlqc@cluster soft]$ cd   #我们使用cd命令回到“用户的根目录”下面，编辑环境变量文件。

[dlqc@cluster ~]$ vi .bashrc #.bashrc是设置本用户的环境变量

[dlqc@cluster ~]$ mkdir gstmp #创建一个高斯临时文件存储目录，这里面有个权限问题，如果这个高斯你自己使用，那么不用去管，默认创建就可以了。

如果你的高斯是多人使用，那么需要涉及到权限问题，这个后期在发文章。

打开以后添加如下内容：

注意：“~”linux里面的这个符号，是表示用户的根目录，也就是和“/home/dlqc"等值。

注意：“$”linux里面的这个符号，是表示变量值，后面可以接相应的单词。

#Gaussian env

export g09root=/home/dlqc/soft

export GAUSS_SCRDIR=~/gstmp #所以~/gstmp和/home/dlqc/gstmp等值，写哪个都可以。

source $g09root/g09/bsd/g09.profile #因为上面已经声明了一个g09root变量了，所以这句话我们需要引用这个变量然后加上相应的目录，来查找我们需要执行哪个文件，使其让高斯的环境变量生效。

“$g09root”等同于/home/dlqc/soft

那么第三句的完整写法意思是：

source /home/dlqc/soft/g09/bsd/g09.profile 

“$g09root”意思就是替代“/home/dlqc/soft”目录。没有其他什么功能，就是大家默认的约定规定。

我们安装高斯，只用上面的三句就可以了，其他都是我做的解释，你们了解就行了。

设置完成环境变量，必须要让他生效，使用命令：

source ~/.bashrc

不报错误，就可以了。

在终端直接输入g09看看是否和下面的提示一样，一样的话，高斯就全部安装完成了。

[dlqc@cluster ~]$ g09

 Entering Gaussian System, Link 0=g09

下面进行测试高斯是否好用。进入下面的目录：

/home/dlqc/soft/g09/tests/com

随便拷贝出来一个.com文件，这个文件可以打开，我们高斯的计算参数可以在这个文件里面设置。

[root@cluster ~]# vi test300.com

%mem=6gb  #可以申请多少内存进行作业计算，这里我们是6GB

%nprocshared=2 #可以申请多少核心进行作业计算，这里我们申请了2个核心。

可以把这两个参数添加到文件的第一第二行

内容如下：

%mem=6gb

%nprocshared=2

#p cas(6,6)/d95 mp2 test iop(5/42=5) guess=cards

Gaussian Test Job 300:

Water localize Strongly occ (42=5)

r = re  Full CI = -76.1579  SCF mp2 = -75.1493 cas mp2 = -76.1529

0 1

O

H  1 .975

H  1 .975 2  110.5

(4E20.8)

   -1

   0.5809834509E+00    0.4612416518E+00   -0.6437319952E-04    0.1724432549E-02

   0.1282235396E-14    0.5417658499E-13    0.1639966912E-02   -0.9146282229E-15

  -0.6407549694E-13   -0.4538843604E-03    0.6038992958E-04   -0.1131035485E-03

编辑完成以后，我们就可以开始运行测试了。

输入命令：正常现在就应该开始计算了。

[root@cluster ~]# g09 test300.com 

在目录下面会出现.out的输出文件，我们可以进行查看作业状态。

有问题可以联系我，同时我也承接服务器，linux系统，虚拟化，高性能计算维护。

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